Une nouvelle méthode pour le séquençage à haut débit de génomes de virus entiers

Le Professeur Hervé Vanderschuren (Plant Genetics Lab, Gembloux Agro-Bio Tech – Université de Liège) et ses collègues de l'ETH Zurich (Suisse) ont mis au point une nouvelle méthode pour le séquençage à haut débit de génomes de virus complets. Ils démontrent l'importance de cette nouvelle méthode en évaluant l'altération des populations virales déclenchée par des plantes résistantes aux virus lors d'un essai sur le terrain en Afrique.

Les progrès récents des technologies de séquençage ouvrent de nouvelles possibilités de séquençage des génomes des organismes hôtes et de leurs agents pathogènes. Les agents pathogènes viraux évoluent rapidement, il est donc essentiel de surveiller leur diversité afin d'anticiper les épidémies et d'évaluer la durabilité des résistances aux maladies virales déployées au champ.

Dans un article publié récemment dans Nucleic Acids Research, le Professeur Hervé Vanderschuren et son équipe ont développé une méthode (nommée CIDER-Seq pour Circular DNA Enrichment Sequencing) qui permet de caractériser chaque génome viral présent dans une plante hôte. Ils ont utilisé cette méthode pour caractériser les populations virales présentes dans des plantes de manioc sensibles et résistantes aux virus en Afrique. 

Le manioc est une culture importante pour la sécurité alimentaire dans les régions tropicales où ses racines riches en amidon servent d'aliment de base à plus de 500 millions de personnes. La mosaïque du manioc (voir photo) est une maladie virale qui limite gravement la production de manioc sur le continent africain avec des pertes globales estimées à environ 25% de la production totale. 

La méthode développée par l'équipe du Professeur Hervé Vanderschuren contribuera à une meilleure caractérisation des caractères de résistance virale déployés sur le terrain. Dans le présent travail, ils démontrent également l'importance du déploiement d'une résistance virale à large spectre (la résistance à plusieurs espèces virales) afin de limiter de façon durable l’impact des maladies virales au champ. 

Cette technologie est également très rentable et, par conséquent, elle facilitera probablement l'utilisation de technologies de séquençage à haut débit pour la recherche agricole sur le continent africain. 

Nucleic Acids Research est classé parmi les meilleurs journaux scientifiques à comité de lecture dans les catégories Génétique ainsi que Biochimie, Génétique et Biologie Moléculaire.

Photo © H.Vanderschuren : Manioc sensible aux virus (à droite) et résistant aux virus (à gauche) dans le champ d'un agriculteur.